自主备份的密送邮件是否会被归类到主监控邮箱的来信分类文件夹，主要取决于企业邮箱系统的具体配置和策略设置。通常情况下，自主备份的邮件功能是为了保存邮件副本或进行审计目的，这些邮件可能直接存档在专门的备份位置或监控邮箱中，而不一定进入常规的收件箱或来信分类文件夹。
如果企业设置了邮件监控系统，并且配置了对所有收发邮件（包括密送邮件）进行监控和分类，理论上，这些密送邮件可能会根据监控系统的规则被归类。例如，企业可能利用邮件过滤器、规则或者特定的监控软件来自动处理和分类这些邮件。但是否将它们放入特定的“来信分类”文件夹，则依赖于监控系统如何定义和执行其分类逻辑。
值得注意的是，根据之前的信息，邮件监控可以高度定制，包括是否监控密送邮件、监控的内容（比如邮件主题、正文、附件等）、以及如何处理监控到的邮件（如备份、报警、分类等）。因此，具体实施细节需要参考企业邮箱系统的具体功能和管理员的配置情况。如果需要确切知道自主备份的密送邮件在您的系统中是如何处理的，建议直接咨询邮箱系统管理员或查阅系统文档。
